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Bien qu'aujourd'hui de nombreuses espèces pathogènes soient connues et bien caractérisées, l'évolution des espèces et les pressions de sélection que subissent
ces organismes favorisent l'apparition de nouvelles souches au sein de ces espèces. Ces souches dites émergentes présentent des caractères génétiques et
phénotypiques différentes et peuvent engendrer des problèmes dans la maîtrise des risques biologiques. Par exemple, certaines souches émergentes de virus présentent un
caractère virulent ou contagieux beaucoup plus important que les souches communes. D'autres encore peuvent développer une résistance à un vaccin. Les bactéries ne sont pas
en reste, puisque certaines sont capables d'acquérir des résistances aux antibiotiques ou de nouvelles fonctionnalités de pathogénicité (eg. hémolytique) grâce à plusieurs
mécanismes d'échanges de matériels génétiques (conjugaison, transformation, transfection).
L'observation d'émergents dans les populations de pathogènes est due aux variations environnementales et à la sélection naturelle qui vont permettre à certains
variants de proliférer rapidement.
Contrairement aux méthodes pasteuriennes et biochimiques, les technologies ADN (PCR, qPCR, MLVA, MLST, dna chip, etc.) sont des méthodes très efficaces de détection de pathogènes. Rapides et précises, elles ont également l'avantage de pouvoir identifier des espèces
à des concentrations très faibles et répondent donc à la problématique de l'identification pré-symptomatique. Pour fonctionner, elles utilisent des molécules, les primers,
capables de cibler spécifiquement l'ADN d'un pathogène. L'efficacité d'une technologie ADN est donc intimement liée à la qualité des primers utilisées. Pour concevoir ces primers,
les scientifiques utilisent les bases de données regroupant l'ensemble des molécules d'ADN séquencées. Si un système de détection fabriqué à un instant t présente une efficacité
optimale, les connaissances scientifiques s'aggrandissant chaque jour doivent pousser les concepteurs à requalifier leur système régulièrement.
Le génome d'un émergent présentent des variations génétiques par rapport aux souches communes. Si le système de détection a été réalisé à partir de zones génétiques conservées
au sein de l'espèce, il devrait être capable de le cibler. Si le génome de l'émergent a été séquencé, il sera également possible de developper un système de détection qui lui soit
spécifique et permettra de le distinguer du reste de l'espèce. Pour cela, il faudra que le signal phylogénétique soit suffisamment important sur une zone du génome pour permettre
la discrimination.
Dans tous les cas, une approche big data est fortement conseillée pour assurer une modélisation du système de détection la plus fiable possible. Chez Biomanda, nos rapports d'analyses big data
vont faciliter les étapes de validation sur paillassage, en recentrant les expériences de validation sur des espèces et des souches présentant un réel intérêt dans la détermination de
la spécificité et de la sensibilité de la méthode.